所以从整体看，大部分土司皆被改流，只在云南、四川偏远之处还有部分土司未改流。

而尚未改流的部分土司，到民国时期，民国政府继续实行改土归流。

在广西，民国初年改流的有太平土州、都安、隆山、思乐、凤山等土司。

李宗仁、黄绍竑、白崇禧统治广西后，又继续改流，到1929年民国十八年广西改流全部结束。

民国时在云南沿边地区继续改流，设县或设治局，1913年在西双版纳设“行政总局”，1925年又将“行政总局”改为“思普殖边总办公署”，在西双版纳地区设立车里、佛海、五福、镇越、象明、普文、卢山7个县。

1913年在德宏地区设行政区，次年又设潞西、瑞丽、盈江、梁河、陇川、莲山6个设治局，将原土司置于流官县或设治局的管辖之下。

同时又在双江、澜沧设县，在沧源、耿马置设治局，云南改流全部结束。

至于改流对土司的善后处理的话，清朝的改土归流分为两个步骤，即一为改设流官，一为对被废土司的善后安置，“一依流官之例，倘罪应斥革，即以流官代之，然后选用循良，善加抚恤”。

清朝对改流土司的善后安置极为重视，鄂尔泰云:“今大局甫定，诸务须筹，安辑调停更非易事，若不用猛力，断难图成;若不具恒心，终难善后”。

因此鄂尔泰建议清朝要下大力来做被革职土司的善后事宜，其目的在“要使已归者改流者无旧主之思，未归者未改流者生欣羡之意”。

清政府对被革土司只有少部分罪恶极大者施以重刑，对绝大部分被革土司根据不同情况采用怀柔宽大处理，以便笼络人心，安定地方。

对以罪革职者之土司的安置。

在《清史稿-刑法志二》载:“改土归流之土司犯，将家口实行迁徙，然各有定地，亦不限千里也。”

对被迁徙的土司又视所罪之轻重区别对待，“有犯斩绞重罪者，其家口应迁于远省安插;犯军流者，土司于家口应迁于近省安插”。

也就是使其离开原居住地，目的是不让改流的土司东山再起，又复生事。

因此所迁土司有一部分在本省安置，大部分迁入内地省分，如江苏、安徽、浙江、江西、河南、陕西等省。

仅安徽1省就安置了广西、贵州改流土司21名。

对被迁土司在生活上予以照顾，规定“每十人拨给官房五间，官地五十亩”。

清世宗胤禛曾敕谕各地方官吏对被迁土司给以关照，以示“皇恩浩荡”，使其感恩戴德，消除思乡之情。

清朝的这一措施割断了土司与原居地的联系，对安定改土归流地区的社会秩序起了一定的作用。

而对恭顺王司的安置的话，对自愿请求改流或自动交出土司印信者，清朝政府一般均给以优厚待遇。

像是在鄂尔泰的奏疏中即明确规定对于投献者“但收其田赋，稽其户口，仍量以养赡，授以职衔冠带终身，以示鼓励”。

湖北、湖南改流土司大都得到如此待遇，不少改流土司被授予千总、把总。

例如永顺宣慰使彭肇槐还得到清政府赏银1万两，被授予参将职。

这样的安置不仅安定了已经改流地区的社会秩序，而且还吸引了未改流地区土司主动请求改流。

而对改流地区的统治措施的话，清政府对已改流地区采取各种措施加强统治，在政治上和军事上，采取设流官、戍兵、建城、编户籍、立保甲的办法。

清朝选派了能力强同时又较廉洁的官吏任改流地区的官员，以便缓和与当地人民的矛盾。

军事上在各地增设营汛，派兵戍卫以加强控制，同时又设保甲制度，稽查